Muv-Luv ATE故事时间设定在了西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，所以人口数量不断减少，正面临灭亡的危机。为了打破这令人绝望的局面，致力于对BETA进行战斗的人型兵器「战术机」的新型开发是人类眼下的当务之急。日本帝国斯卫军中尉、卫士的黑发美少女篁唯依接到了岩谷中佐下达的特别任务，以日方技术主任身分参加「Prominence计划」，目的地是育空基地的阿拉斯...