不可思议的少女──花户小鸠有个“想去的地方”，为达到目的，她必须收集许多受伤的心来装满瓶子，在那之前，便需要治愈那些人们的心灵创伤。机缘巧合的情况下，小鸠来到人手不足的幼稚园帮忙，然而那是一间面临废校的幼稚园。于幼稚园打工的青年藤本清和、园长冲浦清花，还有幼稚园的小孩子们和其他人，都受到小鸠的真诚打动，而小鸠的内心也开始逐渐成长。小鸠成功治愈许多受伤的心，但最后又能否拯救到...

不可思议的少女花户小鸠有个“想去的地方”，为达到目的，她必须收集许多受伤的心来装满瓶子，在那之前，便需要治愈那些人们的心灵创伤。机缘巧合的情况下，小鸠来到人手不足的幼稚园帮忙，然而那是一间面临废校的幼稚园。于幼稚园打工的青年藤本清和、园长冲浦清花，还有幼稚园的小孩子们，人们受到小鸠的真诚打动，而小鸠的内心也开始逐渐成长。小鸠成功治愈许多受伤的心，但最後又能否拯救到即将废校的幼稚园呢?至于引导小鸠的...

在幼稚园中，小鸠认识了孤儿藤本清和，虽然清和经常对小鸠粗声粗语，但他的关怀之情溢于言表。此外，一些心灵曾经受过伤害的人们也渐渐的聚集在了小鸠的周围，在帮助他们的同时，小鸠的内心也逐渐得变得更加坚强。...

奇迹少女小鸠故事讲述的是花户小鸠是一个可爱的女孩子，继承了CLAMP笔下的一堆女主角的性格──不谙世事，天真无邪得有点可怕，从外表看可判断成13到15岁。小鸠根据契约上的约定降落到人间，治愈人们受伤的心灵，让他们得到幸福，但是绝对不能爱上任何一个人类。她的同伴是一个相当凶恶的布偶狗（猪尾吕义先生,五百袛先生）。小鸠有一个想要到达的地方，为了实现这个愿望，小鸠必需不断收集人们受伤的心灵并将其碎片放在...